1220–1370
Moʻgʻullar davri
1220-yilgi vayronagarchilikdan Temur yuksalishigacha: Afrosiyob tashlab ketilib, shahar janubga koʻchdi, Chigʻatoy ulusi tarkibida sekin tiklandi va sarbadorlar qoʻzgʻoloni bilan yangi davr ostonasiga keldi.
1220-yil fojiasi
1220-yil bahorida Chingizxon Buxoroni egallab, Samarqandga yetib keldi. Xorazmshoh Muhammad poytaxtini katta garnizon bilan himoya qilishni moʻljallagan edi, biroq shahar bir necha kunlik qamaldan soʻng taslim boʻldi, ichki qalʼa esa yana bir muddat qarshilik koʻrsatdi. Aholining katta qismi qirildi yoki qul qilindi, hunarmandlar Moʻgʻulistonga, keyinroq Pekin yaqinidagi Simali shahriga koʻchirildi — ular u yerga uzumchilik va Samarqand kimxobini olib bordi. Bir yildan soʻng shaharda boʻlgan daos rohibi Chanchun aholining chorak qismigina qolganini yozgan.
Ishchi qoʻllar keskin kamaygach, murakkab suv inshootlariga bogʻliq Afrosiyob tashlab ketildi. Shahar hayoti XI–XII asrlardayoq rivojlanib borayotgan janubiy mavzelarga — bugungi tarixiy markaz oʻrniga koʻchdi.
Chigʻatoy ulusi davrida
Samarqand Chingizxonning oʻgʻli Chigʻatoy ulusiga kirdi. Moʻgʻullar shaharni boshqarishda xitoylik va qoraxitoylik amaldorlardan foydalandi, nasroniy yepiskopliklariga ham ruxsat berdi. XIII asrning ikkinchi yarmida xonlar oʻrtasidagi urushlarda shahar yana talangan. Shunga qaramay, savdo asta-sekin tiklandi: Marko Polo Samarqandni boshqalarning hikoyalari asosida «juda katta va goʻzal shahar» deb taʼriflagan.
1333-yilda Samarqandda boʻlgan Ibn Battuta devorlar va darvozalar yoʻqligini, koʻp saroylar vayronaligini qayd etgan, ammo bozor gavjum, Qusam ibn Abbos maqbarasi esa hashamatli edi. XIV asr oʻrtalaridan Shohi Zinda yoʻlagida yangi maqbaralar qad koʻtara boshladi.
Sarbadorlar va yangi kuch
1340–1360-yillarda Chigʻatoy ulusi parchalanib, Movarounnahrda turk-moʻgʻul amirlari hukmron boʻldi, sharqdagi Moʻgʻuliston xonlari esa yurtni qayta-qayta talon qildi. 1365-yilda Ilyosxoʻja qoʻshini Samarqandni qamal qilganda, amirlar emas, oddiy shaharliklar — sarbadorlar shaharni himoya qilib qoldi. Madrasa talabasi Mavlonozoda boshchiligidagi bu odamlar koʻchalarni toʻsib, dushmanni pistirmalarda qirdi. Keyingi yili ularning yetakchilari Amir Husayn buyrugʻi bilan qatl etildi, ammo Keshlik barlos amiri Temur Mavlonozodani himoya qilib, shaharliklar orasida obroʻ qozondi. Bu voqealar Amir Temurning siyosiy maydonga chiqishiga yoʻl ochdi va 1370-yilda Samarqand yangi saltanatning poytaxtiga aylandi.
1220-yil mart
Chingizxon Samarqandni vayron qiladi
1220-yil mart oyida Buxoroni egallagan Chingizxon Samarqandga yetib keldi. Xorazmshoh Muhammad poytaxtini kuchli garnizon bilan himoya qilmoqchi edi, biroq moʻgʻullar qalʼadan chiqqan qoʻshinni pistirmada yanchib tashladi. Bir necha kundan soʻng ruhoniylar shahar darvozalarini ochishga koʻndirdi, ichki qalʼa esa yana bir muddat qarshilik koʻrsatdi. Juvayniyning yozishicha, shahar butunlay talandi, 30 ming hunarmand va shuncha yigit majburan olib ketildi. Bir yildan soʻng kelgan Chanchun aholining chorak qismigina qolganini qayd etgan. Suv taʼminoti izdan chiqqan Afrosiyob tashlab ketildi, shahar esa janubga koʻchdi.
1333-yil
Ibn Battuta Samarqandda
1333-yilda marokashlik sayyoh Ibn Battuta Samarqandga keldi va uni «eng ulugʻ va goʻzal shaharlardan biri» deb atadi. Ayni paytda u shaharda devor va darvozalar qolmaganini, koʻplab saroylar xarobaga aylanganini ham yozgan. Sayyoh daryo boʻyidagi bogʻlar charxpalaklar yordamida sugʻorilishini, kechqurunlari shaharliklar suv boʻyidagi supalarda dam olishini tasvirlagan. U Paygʻambarning amakivachchasi Qusam ibn Abbosning shahar tashqarisidagi qabrini ziyorat qilib, uning hashamatli maqbarasi va zoviyasini taʼriflagan. Bu — vayronagarchilikdan keyin tiklanayotgan Samarqand va Shohi Zinda haqidagi eng qimmatli guvohliklardan biri.
1365–1366-yillar
Sarbadorlar Samarqandni himoya qiladi
1365-yilda Moʻgʻuliston xoni Ilyosxoʻja Toshkent yaqinidagi «Loy jangi»da Amir Husayn va Temurni magʻlub etib, Samarqandga yaqinlashdi. Amirlar shaharni tashlab ketdi, biroq madrasa talabasi Mavlonozoda, hunarmand Abu Bakr Kalaviy va Xurdaki Buxoriy boshchiligidagi sarbadorlar — «boshini dorga tikkanlar» — mudofaani uyushtirdi. Ular koʻchalarni toʻsib, dushmanni pistirmalarda qirdi; moʻgʻul otlari orasida tarqalgan oʻlat esa Ilyosxoʻjani chekinishga majbur qildi. 1366-yilda Husayn va Temur shaharga qaytib, sarbadorlar yetakchilarini qatl ettirdi; faqat Mavlonozoda Temurning iltimosi bilan omon qoldi.